Режим особой охраны заказника приведен в Положении о государственном природном заказнике регионального значения «Южное побережье Невской губы», утвержденном Постановлением Правительства Санкт-Петербурга от 10.10.2013 № 766 «Об образовании государственного природного заказника регионального значения «Южное побережье Невской губы» (в редакции постановления Правительства Санкт-Петербурга от 31.01.2022 № 55).

В границах заказника запрещается:

Земли по южному побережью Невской губы, заселенные прибалтийско-финскими племенами ижора и водь, в XII веке вошли в состав владений Великого Новгорода, а затем Московского княжества. Новгородские писцовые книги конца XV в. зафиксировали многочисленные малодворные деревни и довольно высокую степень сельскохозяйственной освоенности на землях к югу от Финского залива.

С 1617 г. Ижорская земля вошла в состав владений Швеции под названием Ингерманландия, а после присоединения Ингерманландии к России в результате Северной войны земли вдоль южного побережья Финского залива начали раздавать членам царской фамилии и приближенным императора Петра I.

Участок «Кронштадтская колония»

В территорию участка входят приморские части некогда существовавших здесь пяти усадеб и дач, расположенных с запада на восток в следующей последовательности: Кронштадтская колония, Рощинское и дача Шитта, Андреевское, Троицкая слобода. 

Кронштадтская колония немецких переселенцев, давшая название всей территории, появилась здесь в 1810 г., когда нескольким немецким семьям были отведены земли морского департамента южнее приморской дороги. В 1886 г. часть этого участка была передана Стрелковой школе и до настоящего времени принадлежит военным.

Дача "Отрада" ("Рощинское") Восточнее располагается территория бывшей Рощинской усадьбы. Первым владельцем имения был сподвижник Петра I канцлер Г.И. Головкин, который устроил здесь усадьбу с каменным домом, прудом, скотным двором и другими хозяйственными постройками. От наследников Головкина в 1793 г. усадьба перешла в руки Корсаковых (Дондуковых-Корсаковых), которые владели ею почти сто лет. В это время, помимо новых построек, в усадьбе появились фруктовые сады, английский парк; дом с берегом залива связала липовая аллея. У берега моря находился таможенный пост, устроенный в начале XIX века и просуществовавший до 1910-х гг. В последней трети XIX века вдоль восточной границы имения была устроена еще одна небольшая дача с парком, назвавшаяся «Рощинское» ("Отрада"), приобретенная около 1910 г. В. Шиттом.

Далее, к востоку от «Дачи Шитта», находилось имение «Андреевское», пожалованное в 1820 г. Александром I ораниенбаумскому управляющему А.В. Яковлеву в знак благодарности за добросовестную работу по сохранению Ораниенбаума. Имение было образовано из трех дач, существовавших здесь с петровских времен. В «Андреевском» был построен усадебный комплекс с деревянным домом, были сооружены многочисленные хозяйственные постройки, оранжереи. Около дома и на литориновом склоне был разбит парк с экзотическими растениями, в овраге построена гранитная плотина и устроен пруд. В настоящее время в усадьбе располагается  Дом ребенка.

Бывшая Троицкая слобода занимает самую восточную часть участка. Слобода начала формироваться во второй половине 1750-х гг. как поселение служащих Ораниенбаума. Здесь в это время была построена Троицкая церковь, рядом с которой появилось одноименное кладбище, существующее до сих пор. В 1821-22 гг. в слободе по проекту В.П. Стасова были возведены два казарменных корпуса. Все постройки слободы и кладбище располагались южнее современной железной дороги.

Участок «Собственная дача»

На территории участка «Собственная дача» расположена часть усадьбы XVIII века «Собственная дача» и Бобыльской деревни с более поздними постройками — дачами конца XIX века.

«Собственная дача» — одна из усадеб Петергофской дороги, объединившая три  стандартных дачи времен Петра I, принадлежавших князьям Долгоруким, а затем архиепископу Феофану Прокоповичу, который построил в имении дворец и семинарию. После смерти Прокоповича дачей владела цесаревна Елизавета Петровна: с тех пор усадьба и получила название «Собственной». При Елизавете здесь работал Растрелли, при Екатерине II дворец был перестроен Фельтеном, а при Николае I — Штакеншнейдером в стиле необарокко. Он же возвел по соседству с дворцом Троицкую церковь, соорудил многочисленные служебные постройки, перепланировал парк.

К востоку от «Собственной дачи» расположены земли бывшей деревни Бобыльской. После реформы 1861 г. крестьянские земли деревни подверглись разделу, часть их перешла в руки некоего Богдана Федоровича Небо. Он устроил здесь собственное имение Елизаветино и, разбив территорию на мелкие участки, стал их распродавать. Несколько участков на самом берегу моря купили представители знаменитой семьи архитекторов и художников Бенуа. По проекту Леонтия Николаевича Бенуа были возведены по крайней мере дачи на трех из них: брата архитектора, морского офицера Михаила Николаевича, его собственная и его зятя А.Э. Мейснера. Дача М.Н. Бенуа с оранжерей, построенные в 1892 г., сохранилась. Дачи самого Л.Н. Бенуа и А.Э. Мейснера сгорели в 1919 году. К востоку от дачи М.Н.Бенуа расположены частично перестроенные дачи Грубе, Сан-Галли и Крона. В этих зданиях до войны существовал санаторий Союза работников просвещения, для которого старые дачные сады были объединены прямыми аллеями. Ныне времянки и ограды участков местных огородников полностью разрушили красоту этого приморского дачного пейзажа.

Участок  «Знаменка»

В границы участка частично вошли территории трех старинных усадеб, также расположенных вдоль побережья Финского залива: «Знаменка» (на западе), «Шуваловка»  и «Михайловка» (на востоке участка).

Усадьбой «Знаменка», основные сооружения которой построены в XVIII веке, владели адмирал граф Н.Ф. Головин, оберегермейстер А.Г. Разумовский, сенатор П.В. Мятлев, а с 1835 г. усадьба находилась в вечном и потомственном владении семьи Романовых. Архитекторами дворца были А.Ф. Кокоринов, А.И. Штакеншнейдер, А.В. Квасов. После революции усадьбу национализировали. С 1924 г. в ней размещалась детская колония, а с 1932 — Плодоовощной институт. В 1968 г. по решению Ленгорисполкома дворец передали Главленавтотрансу (сейчас – ООО «Пассажиравтотранс») под базу отдыха.

Фрагмент карты 1840 г. Обведено местоположение современного участка "Знаменка"Усадьба «Шуваловка» возникла на месте деревни Похьейсис (Поэзи) в начале XVIII века. Между 1836 и 1838 гг. деревня и «шуваловский» дом были коренным образом перестроены: здесь устроили ферму «Крейт» — живописный комплекс в швейцарском стиле, включавший скотный двор, молочную и комнаты для отдыха во время прогулок по побережью. После отмены крепостного права деревня Поэзи («Шуваловка») была выделена из состава имения, в послереволюционное время она окончательно превратились в самостоятельный пригородный поселок. Во время Великой Отечественной войны все сооружения, представляющие историческую ценность, были разрушены.

В петровское время на территории «Михайловки» существовало несколько усадеб приближенных царя. Среди них — усадьба Меньшикова «Фаворит». Она существовала до 60-х годов XVIII в., и с того времени, вероятно, здесь сохранились старые дубы. В 30-х годах XIX в. три имения на этой территории стали владением императорской фамилии. Появление названия «Михайловская Дача» относится к 1834 году, когда здесь, на площади более 100 га, было решено создать дачу для младшего сына Николая I, великого князя Михаила.     Михайловский парк, задуманный в английском стиле, окончательно сформировался в 60-х годах XIX века. Были вырыты пруды, насыпаны земляные горки, построены беседки, высажены деревья и кустарники. Парк «Михайловки» — ценнейший памятник ландшафтной архитектуры. С 1919 г. в «Михайловке» находилась детская трудовая колония «Красные зори». Во время Великой Отечественной войны дворец и парк сильно пострадали и их полное восстановление не завершено до сих пор.