Южное побережье Невской Губы, заселенное прибалтийско-финскими племенами ижора и водь, в XII веке вошло в состав владений Великого Новгорода, а с второй половины XV века – в составе Московского государства. С 1617 г. территория входила в состав ингерманландских владений Швеции. В то время на литориновой террасе к востоку от «Стрельнинского берега» были сельскохозяйственные угодья. Во время основания Петербурга на участке побережья между устьями рек Кикенка и Дудургофка было около десятка малодворных деревень.

В начале XVIII века между реками Кикенка и Стрелка на берегу Финского залива была построена усадьба Петра I, включавшая небольшой дворец, церковь и оранжереи. Вскоре рядом начали создавать монументальный дворцово-парковый ансамбль. Для этой цели были проведены масштабные мелиоративные работы на литориновой и верхней террасах, углублено русло р. Стрелки, прорыто несколько километров каналов, началось сооружение Орловского пруда – основного резервуара для будущих каскадов и фонтанов. В результате территория западнее современного памятника природы «Стрельнинский берег» была преобразована коренным образом, включая рельеф и водную сеть. Так, воды р. Кикенки отвели в прямоугольную систему каналов, а старое русло спрямили, назвав его впоследствии р. Жуковкой.

В 1710-х гг. началось формирование Петергофской дороги, связывающей Санкт-Петербург с императорскими резиденциями на южном берегу Финского залива. К 1714 г. почти все земли вдоль дороги были розданы знатным персонам под «загородные дворы». Примерно в то же время у Петра I возник замысел прокладки судоходного канала параллельно берегу залива от устья р. Фонтанки до г. Ораниенбаума. Следы сооружения этого канала, проводившегося под руководством венецианских ученых-гидравликов, сохранились до наших дней в виде заросшего прямолинейного вала длиной около 1 км, проходящего вдоль южной границы памятника природы.

В 1732 г. на Петергофской дороге была основана Троице-Сергиева Пустынь. По-видимому, территория «Стрельнинского берега» входила в состав земель, освоенных монастырем под сельскохозяйственные угодья. Не менее половины площади нынешнего памятника природы было подвергнуто осушению сетью взаимно перпендикулярных канав, прорытых через каждые 100 м. Согласно топографическим картам XIX века, сомкнутый лес в этот период на территории памятника природы отсутствовал. К началу XX века территория, уже изрядно заросшая деревьями, подверглась частичной расчистке под огороды.

В годы Великой Отечественной войны район Стрельны и Петергофа был оккупирован немецкими войсками. В это время огороды и сенокосы «Стрельнинского берега» начали зарастать кустарником и мелколесьем, однако часть их была расчищена в послевоенные года. Следы огородов послевоенных десятилетий сохраняются до сих пор на участке территории памятника природы.

Строительство комплекса сооружений по защите Ленинграда от наводнений, начатое в 1978 г., повлекло за собой заметные изменения береговой линии Финского залива. Существенно увеличились площади акватории, заросшие тростниками и другими водными макрофитами, в том числе и в границах «Стрельнинского берега».

Последний весьма заметный штрих в формирование ландшафтного окружения «Стрельнинского берега» внесло строительство «Консульской деревни» в составе Государственного комплекса «Дворец конгрессов», включившего в себя отреставрированный Константиновский дворец. Комплекс, состоящий из 20 коттеджей, был построен в 2001-2003 гг. в непосредственной близости от границ памятника природы. В 2005 году еще один коттедж был возведен в западной части памятника природы, что сопровождалось перепланировкой рельефа и уничтожением естественной растительности на прилегающей территории площадью около 2 га. С восточной и южной сторон «Стрельнинкий берег» был окружен забором и в настоящее время свободный доступ посетителей на территорию памятника природа не осуществляется.