Самец чирка-свистунка. Большая часть заказника занята смешанным лесным массивом со значительной ролью широколиственных древесных пород. Всего на территории отмечено около 500 видов сосудистых растений, относящихся к 90 семействам; 3 вида — каулиния тончайшая (Caulinia tenuissima), полушник озерный (Isoetes lacustris) и частуха Валенберга (Alisma wahlenbergii) — занесены в Красную книгу России.

Исследования фауны позвоночных животных выявили более 15 видов млекопитающих, типичных для биотопов северо-восточного побережья Финского залива. Орнитофауна территории, несмотря на высокую антропогенную нагрузку, представлена набором видов, свойственных естественным, ненарушенным насаждениям. Благодаря наличию старовозрастных участков леса в заказнике довольно высока численность большого и малого пестрого дятлов, пищухи; здесь также гнездится редкий на территории Санкт-Петербурга вид — белоспинный дятел.

Остров Верперлуда, отнесенный к особо ценным объектам заказника, интересен отсутствием прямого антропогенного воздействия и характеризуется высоким разнообразием растительных сообществ, которые, в свою очередь, являются биотопами для многих околоводных и лесных видов птиц.

Отдельного упоминания заслуживает участок акватории Невской губы, непосредственно примыкающий к границам заказника. Последствия бурного развития города серьезным образом сказались на Невской губе как месте исторически сложившихся стоянок перелетных птиц. В настоящее время неширокая полоса мелководий вдоль границ заказника — одно из немногих мест в окрестностях города, где еще могут останавливаться водоплавающие и околоводные пернатые на Беломоро-Балтийском миграционном пути. Наиболее многочисленны здесь хохлатая чернеть, кряква, свиязь, чирок-свистунок, гоголь. Сохранение этого биотопа является одной из важнейших задач заказника «Северное побережье Невской губы».