Вахта трехлистнаяОколо ¾ территории заказника занимают болота (торфяники), среди которых наиболее распространены верховые торфяники. На верховых болотах встречаются как полностью безлесные участки, так и сомкнутые сосняки. В настоящее время происходит увеличение облесенности верхового болота, а в юго-восточной части торфяника происходит его спонтанное осушение.

В заказнике распространены грядово-мочажинные верховые болота. На грядах произрастают сосняки, а также безлесные кустарничково-сфагновые и пушицево-сфагновые сообщества. В обводненных мочажинах развит сфагновый покров.

Наиболее живописен на Сестрорецком болоте верховой грядово-озерковый комплекс, находящийся в северной части болота. Мощность торфа здесь достигает 5 м. Гряды заняты кустарничково-сфагновыми сообществами с лишайниками, вереском и болотной сосной. Многочисленные озерки у своих берегов поросли осоками и пушицей многоколосковой, в воде обильна кувшинка чистобелая. Этот ландшафт практически не изменился за последнюю тысячу лет, что делает его уникальным.

Переходные болота распространены в основном в западной части заказника. Такие торфяники представляют собой плоские равнины, покрытые сообществами с пушицей влагалищной, осоками и сплошным покровом сфагновых мхов. Иногда встречается подрост березы и сосны. В таких местах много клюквы.

Низинные торфяники встречаются по западной, северо-западной и восточной периферии болотного массива, а также вдоль северо-восточного берега Сестрорецкого Разлива. Низинные болота, как правило, наиболее обводнены, моховой покров почти отсутствует. Растительность представлена безлесными травяными болотами, зарослями кустарниковых ив и березово-черноольховыми топями.

ОндатраБолото трудно проходимо, поэтому фактор беспокойства здесь снижен, благодаря чему в заказнике обитают многие виды позвоночных животных. Всего в заказнике обитают 5 видов амфибий, 3 вида пресмыкающихся, 162 вида птиц и 19 видов млекопитающих.

Из обитающих на болоте пресмыкающихся наиболее многочисленны живородящая ящерица и гадюка обыкновенная, считающаяся редким и уязвимым видом в Санкт-Петербурге.

Млекопитающих здесь немного, что объясняется преобладанием болотистых почв, исключающих присутствие мышевидных грызунов (за исключением водяной полевки и, возможно, экономки) и насекомоядных, а также отсутствием стабильной кормовой базы для других видов. Редкие заходы лисицы, лося и зайца-беляка, носят, скорее, случайный характер.

Из птиц, обитающих в заказнике, один вид, скопа, включен в Красную книгу Международного союза охраны природы, а пять видов — европейская чернозобая гагара, евразийский подвид скопы, белоглазый нырок, большой кроншнеп и филин — занесены в Красную книгу Российской Федерации. 33 вида птиц, включая мигрантов — виды редкие в Санкт-Петербурге и Ленинградской области.

ЧомгаБолото является для многих видов не только местом гнездования, но и кормежки: здесь охотятся болотные совы, тетеревятник, перепелятник, канюк, пустельга. Обычны стаи кормящихся серых ворон, воронов, скворцов, выводки сорок.

Исключительное значение для фауны территории заказника имеют окружающие болото лесные участки. По окраине сосняков гнездятся весничка, лесной конек, зарянка, черный дрозд и многие другие виды воробьиных; на окраине леса у болота было обнаружено гнездо дербника. В лесном массиве вокруг поселка Белоостров встречаются обыкновенная неясыть и козодой; многочисленны здесь черный и певчий дрозды, белобровик, зяблик, садовая славка; обычны кукушка, лесной конек, серая мухоловка и мухоловка-пеструшка. В сосняках, расположенных на более сухих участках болота, гнездятся также вяхирь и большой пестрый дятел.Уникальной является фауна Сестрорецкого Разлива. Подтопленные болотистые берега и многочисленные сплавины определяют характерный облик этого искусственного озера и видовой состав фауны. Так, здесь в течение многих лет существует одна из самых крупных в городе и области колоний озерной чайки.