Самец варакушки.Большая часть заказника занята сфагновыми сосновыми и берёзовыми лесами, а также переходными и низинными болотами. Реже встречаются сообщества с чёрной ольхой и другими мелколиственными породами, кустарниковые заросли.

Всего на территории выявлено около 380 видов высших сосудистых растений из 83 семейств. Особого упоминания заслуживает кустарник восковник болотный (Myrica gale), занесенный в Красную книгу России. Здесь, на северном берегу Финского залива — восточный предел его распространения, в связи с чем вопрос сохранения популяции вида в заказнике стоит особенно остро.

В заказнике гнездится более 90 видов птиц, еще около 50 встречается во время миграции, зимовки и в летний период. Многие гнездящиеся виды — большая выпь, серая утка, широконоска, белоспинный дятел, ремез, варакушка — относятся к числу редких и нуждающихся в охране. В заказнике обитает 7 видов хищных птиц, среди которых наиболее заметна скопа (Pandion haliaetus) — крупный рыбоядный хищник, занесённый в Красную книгу России. Из относительно крупных млекопитающих на территории встречаются лисица, ондатра, заяц-беляк. На реках без труда можно найти хатки, норы, сваленные деревья и другие следы жизнедеятельности речного бобра (его ещё называют европейским или обыкновенным).

Лахтинская экскурсионная станция в особняке Стенбок-Ферморов.История вопроса об образовании на северном берегу Невской губы особо охраняемой природной территории уходит своими корнями почти на сто лет назад, в первые десятилетия XX века. В 1919 году крупнейшие естествоиспытатели Петрограда выступили с инициативой о создании «заповедника местной природы» на всем побережье Невской губы от Старой Деревни до Лисьего Носа. «Прекрасными и поучительными картинами первоначальной растительности местного края» называли ученые ландшафты Лахтинской низменности, обосновывая важность «немедленного учреждения» заповедника. Особенно подчеркивалась ценность прибрежных мелководных участков, служащих местами массовых стоянок «разнообразных водоплавающих и голенастых птиц во время их весеннего и осеннего течений».

П. В. Виттенбург.Планам не дано было осуществиться — судя по всему, проект не получил поддержки властей. Однако в том же 1919 году на берегу Невской губы в особняке графов Стенбок-Ферморов, владевших окрестными землями до революции, начала работать Лахтинская экскурсионная станция. Ее возглавил известный полярный исследователь профессор П. В. Виттенбург. В первый же год работы при учреждении был организован Музей природы северного побережья Невской губы. Проработавшая до 1932 года станция являлась подлинным центром исследований природы местного края, многие из которых не утратили научной ценности и поныне.

После революции на территории Лахтинского болота были возобновлены торфоразработки, начатые еще при Стенбок-Ферморах. В поселке Лахта после капитального ремонта был пущен в ход торфоподстилочный завод. Работы продолжались вплоть до начала 1960-х годов и привели в итоге к существенным изменениям части ландшафтов торфяника. Однако самое серьезное вмешательство человека в естественные процессы на территории современного заказника приходится на 1970—1980-е годы. В этот период были развернуты работы по добыче песка с отмелей Невской губы и Лахтинского разлива — для намыва прилежащих городских территорий. В результате изменился профиль дна и очертания береговой линии разлива, были канализированы впадающие в него реки. Но главное — исчезла большая часть мелководий, мест тех самых стоянок «водоплавающих и голенастых» пернатых на Беломоро-Балтийском миграционном пути — одно из немногих мест в устье Невы, где еще могли останавливаться на отдых перелетные птицы. На волне общественного интереса к бурной градостроительной деятельности были наконец услышаны голоса ленинградских ученых, энтузиастов охраны природы, боровшихся за сохранение уникального природного окружения Лахты. В конце 1980-х годов под руководством профессора Ленинградского университета Г. А. Носкова были проведены изыскания, ставшие основанием для образования в 1990 году Ленгорсоветом заказника «Юнтоловский» — первой городской особо охраняемой природной территории.