Волоснец песчаныйНа небольшой территории заказника произрастает более 350 видов сосудистых растений — половина от всего разнообразия растительного мира острова Котлин и близлежащих фортов. Древесная растительность заказника сформирована разнообразными по составу черноольховыми и молодыми осиновыми лесами. На береговых валах — низких песчаных грядах вдоль берега — расположены разреженные ивняки из ивы пятитычинковой, уникальные природные комплексы побережий острова, на восточных берегах Финского залива более нигде не встречающиеся.

Малые крачки Важный элемент в растительном покрове охраняемой территории — приморские сообщества. На пляжах заказника сохранился комплекс так называемой псаммофитной, приспособленной к жизни на песках, растительности. Здесь представлены интересные по видовому составу сообщества волоснеца песчаного с участием чины морской, пижмы, морской горчицы балтийской и других, значительные заросли образует давно завезенный в Европу восточноазиатский вид — шиповник морщинистый.

Отдельного упоминания заслуживают мелководные участки акватории Невской губы, прилегающие к границам заказника с севера. Сформировавшиеся на этих участках тростниковые и камышовые сообщества имеют большое значение как место гнездования и массовых стоянок водоплавающих и околоводных птиц на Беломоро-Балтийском миграционном пути. Каждую весну и осень здесь останавливаются тысячи птиц, среди которых ряд редких и немногочисленных в нашем регионе видов: лебедь-кликун, серая утка, шилохвость, большой и средний крохали, галстучник, клуша, полярная и малая крачки. Сохранение этих мелководий — одного из немногих мест в окрестностях Санкт-Петербурга, где по сей день могут останавливаться перелетные птицы — является одной из важнейших задач заказника «Западный Котлин».

Диорама «Разгром шведского десанта на о. Котлин в 1705 году»Долгое время западная часть острова Котлин входила в состав Шведского королевства — государственная граница между Великим Новгородом и Швецией, установленная в 1595 году, разделила остров пополам. В 1617 году по Столбовскому мирному договору Котлин вместе со всей Ингерманландией отошел Швеции. Спустя почти век, в 1702—1703 годах, остров был отвоеван — в ходе Северной войны русские войска овладели восточной частью Финского залива, увенчав успехом борьбу за выход России к берегам Балтики.

Для защиты заложенной в устье Невы крепости Санкт-Питер-Бурх, будущей столицы России, в январе 1704 года у острова Котлин началось строительство укреплений. В 1705 году на западную оконечность острова высадился шведский десант, успешно отбитый русскими войсками с большими потерями для противника. В следующем, 1706 году в западной части Котлина закладывается первое постоянное укрепление на острове — редут «Святой Александр», или «Александр Шанец», на долгое время ставший его главным оборонительным сооружением. Несмотря на неоднократные перестройки, укрепление сохранилось до наших дней под названием форт «Шанц» («Александр и Николай Шанцы») и имеет статус объекта культурного наследия федерального значения.

Территория заказника на английской карте 1853 г.С этих событий начала XVIII века начинается «военный» этап в истории западной части острова Котлин. Строятся и усовершенствуются так называемые «косные», расположенные на косе, укрепления и батареи, прокладываются дороги, появляются дома для офицеров. В начале XX века на самой западной оконечности косы был возведен форт «Риф»; в это же время форт «Шанц», большая часть которого вошла в границы заказника «Западный Котлин», был перестроен с использованием бетонных конструкций и приобрел современный вид. К концу XX века военное значение кронштадтских укреплений стало уменьшаться, в западной части острова появились крупные массивы коллективных садов и огородов, занявшие в том числе бывшие сельскохозяйственные земли. «Милитаризированная» западная часть острова, наименее пострадавшая от деятельности человека и сохранившая естественные, во многом уникальные природные комплексы, стала популярным местом отдыха и развлечений на природе.

Для сохранения ценных биотопов и поддержания экологического баланса не только Кронштадта, но и всего Санкт-Петербурга западной оконечности острова в 2012 году был придан статус особо охраняемой природной территории — государственного природного заказника регионального значения «Западный Котлин».