Окрестности Щучьего озера на карте 1860-х гг.Щучье озеро, подарившее свое название заказнику, упоминается еще в документах XVII века. Во времена шведского господства озеро с окрестностями, дикая и незаселенная территория, входило в состав коронного парка Хаукиярви (от финского названия Haukijärvi, Щучье озеро). Есть свидетельства, позволяющие предположить, что дичь из этого парка доставлялась непосредственно к королевскому двору.

Поселок Келломяки (Комарово), в непосредственной близости от которого располагается сейчас заказник, обязан своим появлением Финляндской железной дороге, открытой в 1870 году. Первые столичные дачники появились в этих местах в 1890-х, владельцами участков становились банкиры, купцы, фабриканты, артисты, врачи. В 1901 году была построена железнодорожная платформа Келломяки. С тех пор Щучье озеро, расположенное к северу от поселка всего в трех с половиной километрах от платформы, становится известным местом отдыха, уступая по популярности из окрестных ландшафтов разве что морскому побережью.

Щучье озеро. Открытка нач. XX в. С 1918 года поселок входил в состав Финляндии, а в 1940 году, после Зимней войны, вместе с большей частью Карельского перешейка отошел к СССР. Сразу после Великой Отечественной войны в Келломяках строятся дачи для действительных членов Академии Наук СССР, уцелевшие особняки передаются деятелям советской науки и культуры, военным. В 1948 году поселок Келломяки был переименован в Комарово — в честь выдающегося ботаника, президента Академии наук СССР В. Л. Комарова. Уже к середине 50-х годов Комарово становится ухоженным дачным поселком, местом отдыха ленинградской творческой интеллигенции. Здесь жили и творили Анна Ахматова, Дмитрий Шостакович, Иосиф Бродский, Федор Абрамов и многие другие, чьи имена составляют гордость отечественной науки, культуры и искусства.

В послевоенные десятилетия все прилегающие к Финскому заливу территории осваиваются и развиваются, строятся дачи, здравницы, расширяется дорожная сеть. Все больше отдыхающих появляется и на Щучьем озере. На залесенных камовых холмах в его окрестностях ежегодно устраиваются лыжные трассы, летом озеро каждый день посещается сотнями человек.

Для сохранения ландшафтов и растительных сообществ, редких видов растений и животных в 2011 году постановлением Правительства Санкт-Петербурга был образован заказник «Озеро Щучье».