Заказник общей площадью в 266 га состоит из трёх участков: «Кронштадтская колония», «Собственная дача» и «Знаменка». Так как вся Невская губа находится в русле интенсивного пролета водоплавающих и околоводных птиц, следующих Беломоро-Балтийским пролетным путем, её мелководья имеют огромное значение для птиц, совершающих сезонные миграции. В разные периоды сезонных миграций здесь встречается около 70 видов водно-болотных птиц.

Все три участка заказника играют важную роль и в пролете сухопутных мигрантов в весеннее и осеннее время, которые днем останавливаются на территории заказника на отдых и кормежку. Благодаря массовым мигрантам этим же путем следуют и редкие хищные птицы и совы.

Разнообразие и мозаичность мест обитания в заказнике способствуют большому видовому разнообразию животных. Всего здесь зарегистрировано 6 видов амфибий, 3 вида рептилий,165 видов птиц, 34 вида млекопитающих.