ГКУ «Дирекция ООПТ Санкт-Петербурга» было создано 16 августа 2001 года распоряжением Администрации Санкт‑Петербурга №677-ра. Основной целью учреждения является управление существующими в городе особо охраняемыми природными территориями регионального значения (ООПТ) и создание новых ООПТ.

За 20 лет работы было создано 10 новых ООПТ, и в настоящее время природно-заповедный фонд города включает 9 государственных природных заказников и 7 памятников природы, которые в общей сложности занимают 4,5 % от площади Санкт-Петербурга (6 473,7 га). В системе ООПТ города представлены все основные типичные, редкие и ценные природные комплексы Приневской низменности: крупные болотные массивы, таёжные, смешанные и широколиственные леса, морские побережья, мелководья Невской губы – места миграционных стоянок птиц на Беломоро-Балтийском пролётном пути, островные, речные и озёрные системы, геологические обнажения, возвышенности, старинные пейзажные парки. Кроме того, в границах восьми ООПТ полностью или частично расположены объекты культурного наследия федерального и регионального значения.

Деятельность Дирекции охватывает множество аспектов, включая:

• проведение комплексных экологических исследований;
• работы по сохранению и восстановлению биологического и ландшафтного разнообразия;
• мониторинг объектов животного и растительного мира, в том числе редких и находящихся под угрозой исчезновения;
• обеспечение соблюдения режима особой охраны;
• эколого-просветительскую деятельность;
• выпуск научно-популярной и детской литературы и размещение социальной рекламы о заповедной природе города.

Одним из важных элементов экологического просвещения является знакомство жителей и гостей города с природой ООПТ. Для этой цели функционируют три экологических маршрута: в памятнике природы «Комаровский берег», а также заказниках «Западный Котлин» и «Сестрорецкое болото». Более того, в заказнике «Западный Котлин» построен визит-центр в комплексе с орнитологической вышкой, пользующийся большой популярностью у посетителей. Экомаршруты оборудованы деревянными настилами, тематическими стендами, указателями и смотровыми площадками. В настоящее время ведутся работы по созданию эколого-патриотического маршрута в заказнике «Гладышевский» и детского экологического маршрута «У Лукоморья» в заказнике «Северное побережье Невской губы». В 2020 году начаты работы по проектированию экомаршрута в заказнике «Юнтоловский».