Фрагмент карты 1704 года. Дюны и болота, составляющие основу ландшафтов низовьев р. Сестры, абсолютно непригодны для земледелия. Находившаяся выше Сестрорецкой низины ледниково-озерная равнина была довольно плотно заселена еще в новгородское время. По левому, «русскому» берегу р. Сестры вблизи территории нынешнего заказника располагались деревни Валгасарь (Старый Белоостров), известная с XV в., и Редуголь, появившаяся не позже начала XVIII в. (ныне не сущесвтует). В течение столетия, когда территория принадлежала Швеции (1617-1721), русско-ижорско-карельское православное население левобережья р. Сестры почти полностью сменилось финнами-лютеранами.

В 1721 году после Северной войны и присоединения территории к России по указанию Петра I началось строительство Сестрорецкого оружейного завода. Для обеспечения действия заводских машин русло р. Сестры было преграждено запрудой, выше которой образовалось водохранилище. В первые десятилетия после возведения плотины площадь водохранилища была примерно на четверть меньше, чем сейчас, что отражено на карте С. -Петербургской губернии 1770 г. К концу XVIII столетия плотина, по-видимому, была усилена и достигнут максимально возможный уровень водохранилища — около 9 м над ур. м. Согласно карте 1796 г., площадь водохранилища примерно на 20 % превышала нынешнюю, при этом было затоплено нынешнее устье р. Сестры и западная часть торфяника. После постройки новой плотины в 1804 г. и стабилизации уровня озера около 8.5 м оно принимает очертания, близкие к современным, что отражено на карте 1834 г.

В 1811 г. по р. Сестре прошла граница вновь образованного Великого княжества Финляндского и Санкт-Петербургской губернии. Окружающие дюны до середины XIX в. оставались довольно пустынными. Жизнь в деревнях к северу от г. Сестрорецка резко изменилась после прокладки в 1870 г. железной дороги Санкт-Петербург-Выборг. Здесь стало развиваться дачное строительство, и местное население стало получать основной доход не от сельского хозяйства, а от обслуживания дачников.

Карта 1834 года. После получения Финляндией независимости в 1917 г. граница по р. Сестре стала государственной, и в этом качестве просуществовала до 1940 г. Жизнь в деревнях по обе стороны границы резко изменилась. На советской стороне с конца 1920-х гг. в несколько этапов проводились выселения преобладающего здесь ингерманландско-финского населения; опустевшие дома при этом уничтожались. На территории Сестрорецкой низины такая судьба постигла деревню Редуголь, от которой осталось одно название. На освободившейся территории началось строительство Карельского укрепрайона (КаУР), состоящего из бетонных укреплений, противотанковых надолбов и рвов. Для обеспечения обороны практически весь лес вокруг вырубали. На картах 1930-х гг. видно, что на советской стороне были вырублены почти все леса к северу от Сестрорецкого болота и по островам на болоте, значительная часть лесов вдоль р. Сестры и по дюнам вдоль Финского залива.

После «Зимней» войны 1939—1940 гг. весь Карельский перешеек отошел к Советскому Союзу; государственная граница по р. Сестре прекратила свое существование. В конце августа 1941 г. и до 1944 г. по бывшей государственной границе установилась линия фронта.

После Великой Отечественной войны территория в низовьях р. Сестры, между Сестрорецким Разливом и Финским заливом развивалась, в основном, как дачная и курортная местность: здесь строились санатории, дома отдыха, пансионаты, детские оздоровительные учреждения. К северу от Сестрорецкого болота с конца 1980-х гг. формируется и постоянно расширяется промышленная зона. С 1965 г. в западной части Сестрорецкого болота разрабатывается месторождение лечебных грязей (гиттиевых глин) для нужд Сестрорецкого курорта. Карьеры занимают сравнительно небольшую площадь: за 35 лет добычи площадь выработок составила менее 2 га. К востоку от Сестрорецкого Разлива на месте, где летом 1917 г. скрывался В. И. Ленин, в 1960-х гг. построен музейно-мемориальный комплекс «Шалаш В. И. Ленина».

Вахта трехлистнаяОколо ¾ территории заказника занимают болота (торфяники), среди которых наиболее распространены верховые торфяники. На верховых болотах встречаются как полностью безлесные участки, так и сомкнутые сосняки. В настоящее время происходит увеличение облесенности верхового болота, а в юго-восточной части торфяника происходит его спонтанное осушение.

В заказнике распространены грядово-мочажинные верховые болота. На грядах произрастают сосняки, а также безлесные кустарничково-сфагновые и пушицево-сфагновые сообщества. В обводненных мочажинах развит сфагновый покров.

Наиболее живописен на Сестрорецком болоте верховой грядово-озерковый комплекс, находящийся в северной части болота. Мощность торфа здесь достигает 5 м. Гряды заняты кустарничково-сфагновыми сообществами с лишайниками, вереском и болотной сосной. Многочисленные озерки у своих берегов поросли осоками и пушицей многоколосковой, в воде обильна кувшинка чистобелая. Этот ландшафт практически не изменился за последнюю тысячу лет, что делает его уникальным.

Переходные болота распространены в основном в западной части заказника. Такие торфяники представляют собой плоские равнины, покрытые сообществами с пушицей влагалищной, осоками и сплошным покровом сфагновых мхов. Иногда встречается подрост березы и сосны. В таких местах много клюквы.

Низинные торфяники встречаются по западной, северо-западной и восточной периферии болотного массива, а также вдоль северо-восточного берега Сестрорецкого Разлива. Низинные болота, как правило, наиболее обводнены, моховой покров почти отсутствует. Растительность представлена безлесными травяными болотами, зарослями кустарниковых ив и березово-черноольховыми топями.

ОндатраБолото трудно проходимо, поэтому фактор беспокойства здесь снижен, благодаря чему в заказнике обитают многие виды позвоночных животных. Всего в заказнике обитают 5 видов амфибий, 3 вида пресмыкающихся, 162 вида птиц и 19 видов млекопитающих.

Из обитающих на болоте пресмыкающихся наиболее многочисленны живородящая ящерица и гадюка обыкновенная, считающаяся редким и уязвимым видом в Санкт-Петербурге.

Млекопитающих здесь немного, что объясняется преобладанием болотистых почв, исключающих присутствие мышевидных грызунов (за исключением водяной полевки и, возможно, экономки) и насекомоядных, а также отсутствием стабильной кормовой базы для других видов. Редкие заходы лисицы, лося и зайца-беляка, носят, скорее, случайный характер.

Из птиц, обитающих в заказнике, один вид, скопа, включен в Красную книгу Международного союза охраны природы, а пять видов — европейская чернозобая гагара, евразийский подвид скопы, белоглазый нырок, большой кроншнеп и филин — занесены в Красную книгу Российской Федерации. 33 вида птиц, включая мигрантов — виды редкие в Санкт-Петербурге и Ленинградской области.

ЧомгаБолото является для многих видов не только местом гнездования, но и кормежки: здесь охотятся болотные совы, тетеревятник, перепелятник, канюк, пустельга. Обычны стаи кормящихся серых ворон, воронов, скворцов, выводки сорок.

Исключительное значение для фауны территории заказника имеют окружающие болото лесные участки. По окраине сосняков гнездятся весничка, лесной конек, зарянка, черный дрозд и многие другие виды воробьиных; на окраине леса у болота было обнаружено гнездо дербника. В лесном массиве вокруг поселка Белоостров встречаются обыкновенная неясыть и козодой; многочисленны здесь черный и певчий дрозды, белобровик, зяблик, садовая славка; обычны кукушка, лесной конек, серая мухоловка и мухоловка-пеструшка. В сосняках, расположенных на более сухих участках болота, гнездятся также вяхирь и большой пестрый дятел.Уникальной является фауна Сестрорецкого Разлива. Подтопленные болотистые берега и многочисленные сплавины определяют характерный облик этого искусственного озера и видовой состав фауны. Так, здесь в течение многих лет существует одна из самых крупных в городе и области колоний озерной чайки.