16 августа 2001 года распоряжением Администрации Санкт-Петербурга №677-ра создано государственное казённое учреждение «Дирекция особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга» (ГКУ «Дирекция ООПТ Санкт-Петербурга»).

Основная цель создания учреждения — координация и управление деятельностью существующих в городе особо охраняемых природных территорий регионального значения (ООПТ) и создание новых ООПТ.

Заповедный фонд Санкт-Петербурга представлен 17 заказниками и памятниками природы, которые занимают 6,4% от площади города (9 212 га).

Система городских ООПТ включает в себя такие ценные природные комплексы, как:
• крупные болотные массивы;
хвойные, смешанные и широколиственные леса;
• морские побережья;
• прибрежные мелководья;
• островные, речные и озёрные системы;
• геологические обнажения;
• старинные пейзажные парки.

На девяти территориях расположены объекты культурного наследия федерального и регионального значения.

На данный момент в результате работы Дирекции:
• созданы 11 новых территорий: 8 заказников и 3 памятника природы;
• запущена система дистанционного мониторинга и раннего обнаружения пожаров;
• выпущены более 30 научно-популярных изданий о городских ООПТ;
• созданы 5 экомаршрутов, орнитологическая вышка и визит-центр.