16 августа 2001 года распоряжением Администрации Санкт-Петербурга №677-ра создано государственное казенное учреждение «Дирекция особо охраняемых природных территорий Санкт-Петербурга» (ГКУ ДООПТ). Основная цель создания учреждения – координация и управление деятельностью существующих в городе особо охраняемых природных территорий регионального значения (ООПТ) и создание новых ООПТ.

В результате деятельности ГКУ ДООПТ создано 9 новых ООПТ, и в настоящее время природно-заповедный фонд Санкт-Петербурга представлен 15 заказниками и памятниками природы, которые занимают 4,3% от площади города (6 142,7 га).

ГКУ ДООПТ успешно обеспечивает соблюдение на ООПТ режима особой охраны, в том числе благодаря инспекторской службе, созданной в 2017 году. С первых лет существованияучреждения стали традиционными научные исследования, в первую очередь, мониторинг флоры и растительности, отдельных групп животных, водных объектов. Благодаря организованной ГКУ ДООПТ совместной работе со специалистами ведущих научных учреждений выполнены обследования популяций редких и находящихся под угрозой исчезновения объектах животного и растительного мира в городе. Итогом многолетней работы стал выход в свет в 2018 году первого печатного издания Красной книги Санкт-Петербурга.

Большое внимание уделяется экологическому просвещению и образованию горожан. На ООПТ проводятся экскурсии, волонтерские акции; издаются научно-популярные книги, альбомы и другая печатная продукция, посвященная ООПТ. На нескольких ООПТ обустроены экологические маршруты, в том числе, в заказнике «Сестрорецкое болото» в июне 2019 года завершен первый этап единственного в городе «болотного» экологического маршрута. В заказнике «Западный Котлин» построены орнитологическая вышка и визит-центр, которые пользуются большой популярностью у посетителей.