Сестрорецкое болото – ненарушенная и никогда не подвергавшаяся осушению крупнейшая болотная система Санкт-Петербурга. В границах заказника располагается обширное верховое болото с низинными и переходными окраинами, не подвергавшееся осушению, и северная часть водохранилища Сестрорецкий Разлив. Мелководья Разлива и впадающих в него рек имеют большое значение как место скоплений водоплавающих и околоводных птиц в период миграций.