Растительность

В заказнике насчитывается 260 видов сосудистых растений из 66 семейств.
Плавни у границ участка “Кронштадтская колония” На мелководьях у побережий всех трех участков заказника расположены плавни – заросли водных и прибрежно-водных растений. Они выполняют чрезвычайно важную экологическую функцию, являясь эффективным биологическим фильтром, очищающим прибрежные воды от загрязнений, попадающих в Невскую губу с промышленными и бытовыми стоками. К настоящему времени территории Невской губы, некогда занятые этими растительными сообществами, большей частью застроены. Поэтому сохранившиеся плавни представляют несомненный ботанический интерес как типичные когда-то сообщества приморской зоны и приустьевых участков Невы.
В переувлажненных понижениях широкое распространение имеют черноольшатники. На полого-наклонной части террасы распространены мелколиственные и широколиственные леса, сложенные дубом, липой, кленом.

Участок «Кронштадтская колония»
Естественная растительность территории носит поясный характер. На побережье лесная растительность встречается фрагментарно — небольшие площади занимают черноольшатники, березовые мелколесья, а также ивняки — коренные растительные сообщества, некогда характерные для побережий Финского залива и утраченные к настоящему времени на больших территориях. Вдоль побережья узкой полосой расположены осоковые сообщества и щучковые луга. У берегов залива распространены тростниковые заросли. Далее по направлению к морю широкой полосой растет камыш озерный, перемежающийся с зарослями рогоза узколистного, плесами рдеста. Эти заросли прибрежноводной растительности — плавни — являются наиболее важной особенностью растительности участка.

Участок «Собственная дача»
Участок широколиственного лесаРастительность этого участка очень разнообразна. У Финского залива она представлена обширными тростниковыми сообществами, практически не имеющими «окон», вследствие чего водная прикрепленная (рдесты, роголистник) и плавающая растительность (кувшинки, кубышка, ряски) представлены слабо. Между тростниковыми сообществами и берегом тянется узкая полоса остроосоковых болот.
Ивняки встречаются фрагментарно на очень небольших площадях. Черноольшатники занимают полосу, следующую за плавнями по направлению к берегу. Наибольшие площади занимают березняки. Для литориновой террасы характерны кленовые леса. На склоне распространены дубовые и липовые сообщества.

Участок «Знаменка»
Вдоль берега формируются плавни, покрывающие прибрежную акваторию полосой, ширина которой в среднем составляет 200 м.
Для участка характерно наличие обширных ивняков и черноольшатников. Для черноольховых лесов усадеб Знаменки и Михайловки характерно наличие в пологе широколиственных пород — клена, ясеня, дуба, вяза.
Широколиственные породы на этом участке заказнике встречаются не только в черноольховых сообществах, но и образуют собственные древостои с примесью мелколиственных пород. Можно также встретить отдельно стоящие экземпляры старых крупных деревьев. В усадьбе Знаменка сохранились следы старой планировки парка и посадки широколиственных деревьев — липы, клена, ясеня, лещины.

Фауна

Усатая синицаРазнообразие и мозаичность мест обитания в заказнике способствуют большому видовому разнообразию животных. Всего здесь зарегистрировано 6 видов амфибий, 3 вида рептилий,165 видов птиц, 34 вида млекопитающих. Многие животные встречаются здесь только во время сезонных миграций или миграций молодняка, несмотря на наличие подходящих мест для размножения. Основной причиной этому является сильный антропогенный пресс и, прежде всего, фактор беспокойства.
К обычным видам рептилий и амфибий заказника относятся живородящая ящерица, обыкновенный тритон, серая жаба, травяная и остромордая лягушки. В заказнике обитают обыкновенная чесночница и уж — исчезающие виды, включенные в Красную книгу Санкт-Петербурга.
Из 165 видов птиц, обитающих в заказнике, гнездятся здесь лишь 100. Из 55 видов, занесенных в Красную книгу природы Санкт-Петербурга, в заказнике встречается 49. Также здесь обитают 7 видов птиц, занесенных в Красную книгу РФ (малый лебедь, белоглазый нырок, орлан-белохвост, скопа, малый чернозобик, малая крачка, большой серый сорокопут).
Так как вся Невская губа находится в русле интенсивного пролета водоплавающих и околоводных птиц, следующих Беломоро-Балтийским пролетным путем, экосистемы ее мелководий имеют огромное значение для птиц, совершающих сезонные миграции. Мелководья заказника создают исключительно благоприятные кормовые и защитные условия для мигрантов. В разные периоды сезонных миграций здесь встречается около 70 видов водно-болотных птиц.
Все три участка заказника играют важную роль и в пролете сухопутных мигрантов в весеннее и осеннее время, которые днем останавливаются на территории заказника на отдых и кормежку. Благодаря массовым мигрантам этим же путем следуют и редкие хищные птицы и совы.
Млекопитающие заказника являются представителями таежной фауны и фауны широколиственных лесов. Значительное преобразование ландшафтов, окружающих заказник, и сильный фактор беспокойства привели к уменьшению видового разнообразия, даже по сравнению с 70-ми годами ХХ века. Крупные звери практически перестали встречаться на этой территории. Вместе с тем, 10 видов зверей заказника включены в Красную книгу Санкт-Петербурга. Это говорит о природной ценности данной территории и относительно хорошей сохранности некоторых ее участков.