Обеспечение функционирования ООПТ является основным направлением деятельности учреждения и включает охрану и проведение природоохранных и природовосстановительных мероприятий. Большая часть работ выполняется силами подрядных организаций, работающих по заказу учреждения за счет средств бюджета Санкт-Петербурга.

Охрана осуществляется путем патрулирования территорий в целях предупреждения, выявления, пресечения нарушений режима особой охраны, проведения разъяснительной работы с посетителями.

Природоохранные работы включают в себя санитарную очистку территорий: сбор рассеянного бытового мусора, ликвидацию и рекультивацию кострищ, а также установку и содержание объектов инфраструктуры: информационных стендов, шлагбаумов и иных заграждений, мусоросборников, скамеек. Для вновь образованных заказников и памятников природы в целях приведения их в соответствие со статусом ООПТ разрабатываются и реализуются планы первоочередных природоохранных мероприятий по выявлению и ликвидации несанкционированных свалок, установке преград в местах проезда автотранспорта.

Природовосстановительные работы направлены на восстановление нарушенных природных комплексов и гидрологического режима территорий, поддержание или восстановление численности популяций отдельных видов животных, растений и грибов и мест их обитания (произрастания).